Pivoine vit avec son grand-père et sa sœur, Magnolia, dans une ferme fruitière.
Elle travaille chaque jour très dur pour devenir une abeille. En attendant d’avoir l’âge requis par le contremaître, Piv remplit de son mieux sa fonction de vermine, et débusque les nuisibles venus grignoter les fruits.

Mais ses espoirs s’envolent lorsque sa mère l’oblige à la rejoindre en ville pour rentrer au service d’une famille d’Urbains. Projetée dans un monde citadin âpre et anxiogène, Pivoine ne pense qu’à une chose : regagner sa ferme et aller au bout de son rêve.

Avec l’aide d’Esmeralda, la fille délicate et agoraphobe de ses employeurs, elle met au point un ingénieux plan d’évasion.

Inspiré par le travail des hommes-abeilles du Sichuan en Chine, La Dernière Abeille met l’accent sur l’importance des insectes pollinisateurs pour la survie de l’humanité.